Vuonna 2029 maailma on liitetty yhteen laajalla kaikki elämän osa-alueet läpäisevällä sähköisellä verkostolla ja Niihama Citystä on tullut sen teknologisesti edistynein metropoli, jossa kyberverkkojen ansiosta kansalaiset voivat korvata raajojaan robottiosilla. Kaupungin yleisen turvallisuuden osasto 9:n on kyborgiupseeri Motoko Kusanagi jahtaa salaperäistä hakkeria Puppet Masteria, joka ryöstää ihmisiltä heidän muistonsa.

Masamune Shirow'n luomaan samannimiseen sarjakuvaan perustuva Ghost in the Shell on japanilaisen animaatioelokuvan klassikko, joka on ensimmäisenä anime-elokuvana noussut Billboardin video bestseller listan ykkössijalle ja toiminut inspiraationa myös Wachowskien Matrix-elokuville.